Nach Einschätzung des Robert-Koch-Instituts (RKI) kommt der Einsatz von Antibiotika bei Keuchhusten häufig zu spät, um Dauer und Heftigkeit der Hustenattacken zu beeinflussen. Für die Unterbrechung der Infektionsketten könnten Antibiotika jedoch von erheblicher Bedeutung sein. Der Einsatz sei aber nur sinnvoll, solange der Patient Bordetellen ausscheidet, heißt es im RKI-Ratgeber für Ärzte „Pertussis (Keuchhusten)“ vom August 2010.
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Oral-Penicilline und Cephalosporine sind laut RKI nicht gegen B. pertussis wirksam. Diese Einschätzung steht im Widerspruch zur Zulassung von Amoxicillin und Ampicillin bei Keuchhusten. Das BfArM möchte diese Indikationen deshalb streichen. Es hat die Hersteller aufgefordert, innerhalb von vier Wochen Stellung zu beziehen. Danach sollen die Indikationen wegfallen.
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