ArchivDÄ-TitelSupplement: PRAXiSPraxis Computer 6/2002Vergleich genetischer Daten im Internet

Supplement: Praxis Computer

Vergleich genetischer Daten im Internet

Dtsch Arztebl 2002; 99(45): [36]

EB

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Website der Gen-Suchmaschine unter der Adresse http://ngfnblast.gbf.de
Website der Gen-Suchmaschine unter der Adresse http://ngfnblast.gbf.de
Eine Gen-Suchmaschine im Internet unterstützt Wissenschaftler künftig dabei, genetische Sequenzen zu vergleichen. Der frei zugängliche BLAST-(Basic Local Alignment Search Tool-) Server ist Teil der Forschungsarbeiten der Gesellschaft für Biotechnologische Forschung (GBF), Braunschweig (www.gbf.de), im Nationalen Genomforschungsnetz (NGFN). Mitglieder des NGFN erhalten einen schnelleren Zugriff zu den Daten. Der NGFN-Blast-Server (http://ngfnblast.gbf.de) erleichtert es Wissenschaftlern herauszufinden, welche Informationen sich hinter neu ermittelten genetischen Sequenzen verbergen. Der Dienst ermöglicht den Sequenzvergleich mit speziellen Untergruppen, wie zum Beispiel Mensch, Maus oder Ratte. Eine weitere Besonderheit des Suchwerkzeugs ist der Verweis auf bereits patentierte Sequenzen. Dies ist für die wirtschaftliche Nutzung der Daten von Bedeutung.
Ähnliche Buchstabenabfolgen in den Gensequenzen weisen oft auf eine ähnliche Funktion der Gene hin. Zurzeit gibt es drei öffentliche Gendatenbanken, die Sequenzvergleiche ermöglichen. Ihre Daten werden in den USA, Großbritannien und Japan gesammelt und abgeglichen. Eine Suche ist bisher aufwendig, weil in der Regel die passenden Gensequenzen sämtlicher in der Datenbank vorhandenen Organismen aufgelistet werden. Der NGFN-Blast greift auf diese Daten zurück, aktualisiert sie täglich, prüft sie auf Unstimmigkeiten und sortiert sie nach den gewählten Untergruppen.
Das System ist so flexibel, dass es um zusätzliche Untergruppen erweitert werden kann. So können die Datenberge aus der Genomforschung nicht nur sortiert, sondern auch interpretiert werden. EB
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