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Bochumer Forschergruppe wertet Proteindatenbanken erneut aus

Donnerstag, 23. September 2021

Aminosäurekette /Christoph Burgstedt, stock.adobe.com

Bochum – Die riesigen Datenmengen, die Arbeitsgruppen in internationalen Proteindatenbanken sam­meln, sind zu einem Teil noch nicht ausgewertet – und damit sind mögliche Informationen daraus noch unerschlossen. Dies will nun ein Wissenschaftlerteam um Julian Uszkoreit und Michael Turewicz vom Zentrum für Proteindiagnostik Prodi und dem Medizinischen Proteomcenter der Ruhr-Universität Bochum (RUB) ändern.

Sie planen eine automatisierte Reanalyse der eingespeisten Daten. Das von ihnen geleitete Projekt „Increasing the translational value of public proteomics datasets: Automatic metadata-driven reanalysis in cloud infrastructures“ wird für zwei Jahre vom europäischen Bioinformatik-Netzwerk „ELIXIR“ geför­dert.

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Daten, die Arbeitsgruppen in der Massenspektrometrie-basierten Proteinforschung weltweit gewinnen, werden in internationalen Datenbanken gesammelt. Jeder Datensatz wird dafür nach bestimmten Stan­dards aufbereitet und mit einer Beschreibung versehen, die zum Beispiel Auskunft darüber gibt, von wel­c­hem Organismus das Protein stammt, mit welchem Gerät die Daten gewonnen und welche Einstel­lungen daran vorgenommen wurden.

So können auch andere Forschende auf die Information zugreifen und für eigene Arbeiten nutzen. „Allerd­ings ist es oft so, dass man nur finden kann, wonach man sucht“, erläutert Uszkoreit. Die Daten­sätze beinhalteten weit mehr Informationen, als zurzeit auswertbar.

„Kommt eine neue Analysetechnik auf den Markt oder werden neue Entdeckungen veröffentlicht, kann man die vorhandenen Daten sozusagen mit einer neuen Brille betrachten und unter neuen Aspekten aus­werten“, erklärt er. © hil/aerzteblatt.de

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