Neues Onlineportal für globale Daten zur Antibiotikaresistenz

London – Ein neues Onlineportal stellt Forschungsgruppen und allen Interessierten Informationen zu bakteriellen Genomen und damit verknüpften experimentellen Daten zu Antibiotikaresistenzen (AMR) zur Verfügung. Initiator des Portals ist das Europäische Bioinformatik-Institut. Es will damit die Forschung im Bereich der antimikrobiellen Resistenzen unterstützen. Das Institut im britischen Hinxton gehört zum European Molecular Biology Laboratory (EMBL). 

„Antimikrobielle Resistenzen gehören zu den drängendsten Herausforderungen im globalen Gesundheitswesen“, sagte Helen Parkinson vom Europäischen Bioinformatik-Institut. Die erste Version des AMR-Portals basiere auf einem Datensatz des Imperial College London, der im Rahmen des Projekts „Comprehensive Assessment of Bacterial-Based Antimicrobial resistance prediction from GEnotypes“ (CABBAGE) erhoben wurde. 

„Ziel der CABBAGE-Datenbank war es, alle öffentlich verfügbaren Genom- und Antibiotikaresistenzdaten in einem einheitlichen, wiederverwendbaren Format zusammenzuführen“, erläuterte Leonid Chindelevitch, außerordentlicher Professor für Antibiotikaresistenz am Imperial College London.

„Die Zusammenarbeit mit dem Europäische Bioinformatik-Institut bei der Erstellung des AMR-Portals bedeutet, dass diese Daten frei zugänglich sind und es der globalen Forschungsgemeinschaft ermöglichen, Resistenzmechanismen effektiver zu erforschen, stärkere Erkenntnisse zur Unterstützung von Entscheidungen im Bereich der öffentlichen Gesundheit zu gewinnen und die Entwicklung genauerer Diagnoseverfahren zu fördern“, sagte er.

Durch die Bereitstellung hochwertiger, strukturierter Daten in großem Umfang schafft das AMR-Portal laut dem Bioinformatik-Institut zudem eine Grundlage für das Training und Benchmarking von Systemen des maschinellen Lernens, die Resistenzen anhand von DNA-Sequenzen vorhersagen und die Erkennung und Überwachung von Resistenzen verbessern könnten.

Das Portal soll nach Angaben des Instituts weiterentwickelt werden. Geplant ist zum Beispiel, dass Forschungsgruppen ihre eigenen Daten zu Antibiotikaresistenzen beitragen können, einschließlich Laborergebnissen und veröffentlichten Studien. „Mit zunehmender Beteiligung weiterer Gruppen wird dieses Portal stetig wachsen und sich zu einer immer leistungsfähigeren Ressource für die globale AMR-Gemeinschaft entwickeln“, sagte John Lees, Gruppenleiter am Europäischen Bioinformatik-Institut. 

hil